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Microbiote et performance en élevage de poissons

Le microbiote est le nom donné à l’ensemble des microorganismes qui vivent dans la lumière du tube digestif. Les interactions entre l’hôte (l’animal) et la flore qu’il héberge (dans son tractus digestif) sont connues depuis longtemps. Elles sont très nombreuses et peuvent être bénéfiques ou au contraire poser des problèmes de santé. Que sait-on aujourd’hui du microbiote chez le poisson ? Quel est l’intérêt pour les éleveurs et les nutritionnistes de s’y intéresser ?

 

Qu’est-ce qu’un microbiote ?

Le microbiote fait référence à l’ensemble des microorganismes vivant de façon sédentaire ou transitoire dans le tube digestif d’un animal.

L’attention portée au microbiote par les nutritionnistes a beaucoup augmentée ces dernières années. L’existence de liens entre la ‘flore digestive’ et la santé est connue depuis de nombreuses années. L’introduction de bactéries pathogènes dans le tube digestif est responsable de certaines maladies parmi les plus importantes de l’aquaculture (cas de Yersinia ruckeri, entéropathogène responsable de la yerciniose ou d’Ewardsiella ictaluri). A l’inverse, l’ingestion de certaines bactéries vivantes permet d’améliorer le confort digestif des animaux d’élevage. C’est le cas des probiotiques dont les effets bénéfiques sur les poissons et crevettes ont été largement démontrés.

Le microbiote du poisson est principalement composé de bactéries. Sa composition est dynamique. Elle évolue en fonction de paramètres comme l’alimentation, la qualité de l’eau ou la température (en nombre et en nature). L’utilisation d’antibiotiques aura également un fort impact sur cette population.

Les microorganismes du tube digestif sont extrêmement nombreux (de l’ordre de 106 à 109 Unités Formant Colonies par g de contenu intestinal). La concentration de microbes diffère d’un segment du tube digestif à l’autre. D’une manière générale, on peut dire que chez les monogastriques, la concentration en microorganisme augmente depuis l’estomac (inhospitalier, notamment en raison de son pH bas) vers l’anus.

On différencie souvent les microorganismes en fonction de leur nature résidente (caractérisée par leur capacité à coloniser la surface de segment du tube digestif) ou transitoire (concerne des microorganismes qui se développent dans la lumière du tube digestif). On utilise aussi une classification basée sur la pathogénicité des microorganismes vis-à-vis de leur hôte (le poisson). On parle alors de microorganismes commensaux (neutres), symbiotiques (bénéfiques pour leur hôte) ou pathogènes (délétères). Le confort ou l’inconfort digestif des animaux résulte en grande partie de l’équilibre dynamique entre ces différentes populations.

Graphique equilibre microbiote poisson entre bacteries probiotiques

Rôle du microbiote

On sait encore peu de chose sur le microbiote des poissons. Les données commencent cependant à s’accumuler et nous connaissons désormais certaines de ses fonctions. Son rôle dans la nutrition des animaux est en cours d’investigation. Parmi les apports nutritionnels, on peut citer la production de vitamine B12, la production d’enzymes exogènes ou encore la fourniture de produits de fermentation du type Acides Gras Volatils. Le microbiote joue aussi un rôle majeur dans le maintien en bonne santé de l’hôte. La connaissance des différentes fonctions du microbiote chez le poisson n’en est qu’à ses débuts et doit encore faire l’objet de nombreuses recherches mais les possibilités qu’on entrevoie sont formidables.

Il est encore trop tôt en effet pour définir ce qu’est un bon ou un mauvais microbiote pour une espèce donnée. Néanmoins, les données récupérées à ce jour ont montré l’influence que peuvent avoir des facteurs comme les matières premières, les traitements vétérinaires, le milieu de vie ou encore certains additifs alimentaires sur les microbiotes et sur les performances des poissons d’élevage. La caractérisation des compositions fines des microbiotes permettant les meilleures performances pourrait constituer un nouvel outil à la disposition des nutritionnistes dans les années à venir.

Parmi les additifs influençant la composition du microbiote des poissons d’élevage, on peut citer les probiotiques et les prébiotiques. Les probiotiques sont des bactéries vivantes dont l’ingestion améliore les performances de l’animal. La théorie veut qu’un probiotique soit administré vivant de sorte qu’il colonise de façon transitoire le tube digestif de l’animal. Les prébiotiques quant à eux sont des sucres indigestibles par l’hôte et qui sont métabolisés efficacement par certains microorganismes du tube digestif favorisant ainsi leur développement au détriment d’autres organismes.

 

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